Também no Tejo Internacional a actividade humana condicionou em grande parte o coberto vegetal actualmente existente, bem como a sua distribuição espacial.
A utilização de terrenos relativamente dobrado com pendentes acentuadas, e consequentemente com pouca aptidão agrícola, aliada à destruição das comunidades florísticas autóctones durante a campanha do trigo, contribuiu decisivamente para o empobrecimento do solo e do património vegetal. Na década de 60, com o declínio da cultura do trigo, iniciou-se o processo natural de recuperação da vegetação e dos solos esqueléticos, apesar do sobrepastoreio que se seguiu e que se tem verificado até aos nossos dias.
Com a conclusão da barragem de Monte Fidalgo/Cedillo em 1974 toda a vegetação ripícola situada abaixo do nível de pleno armazenamento da albufeira foi destruída. No entanto, passadas três décadas verifica-se já o progressivo, mas incipiente, estabelecimento da vegetação ripícola nas margens do rio Tejo e troços terminais dos rios Erges, Ponsul e Aravil.
Na década de 80 as desmesuradas plantações de eucalipto efectuadas na região, com as inadequadas preparações do terreno então utilizadas, comprometeram grandemente a reabilitação dos solos e da vegetação em extensas áreas. Além do arranque de inúmeras árvores (azinheiras) protegidas por uma Lei, então, obsoleta, não se tiveram em consideração as características da região que são de todo adversas à cultura do eucalipto.
Outro flagelo tem sido a prática sistemática de controlo de predadores que constitui um subterfúgio legal para se proceder à eliminação, de todos os animais que supostamente interferem na expansão das populações das diversas espécies cinegéticas. A deficiente fiscalização, o uso ilegal de venenos (pesticidas, estricnina, etc.), ou outros métodos ilícitos, aliados à ausência de rigor técnico-científico que suporte a decisão sobre o número de efectivos a abater em cada espécie, são por si só motivos de grande preocupação.
Outras perturbações, intencionais ou não, resultam da permissividade à abertura indiscriminada de caminhos e à construção de habitações dispersas ou ainda da navegação fluvial na época de nidificação em troços do rio Tejo sensíveis sob o ponto de vista de conservação da avifauna rara ou ameaçada que aí se reproduz.
A poluição no Tejo resulta também na eutrofização das águas do rio com baixa oxigenação da água da albufeira de Monte Fidalgo/Cedillo, fenómeno que ocorre no Verão, como consequência das fontes de poluição orgânica a montante (esgotos domésticos, fertilizantes, etc..), e das elevadas temperaturas que se fazem sentir nessa época do ano.