Mesmo considerando as suas vantagens os gases fluorados não são a solução ideal pois são prejudiciais do ponto de vista climático. São considerados poderosos gases com efeito de estufa (GEE) cujo potencial de aquecimento global pode chegar a 23.000 vezes o conhecido dióxido de carbono (CO2), sendo os HFCs os que, de longe, são mais danosos para o aquecimento global.
Actualmente, os gases fluorados representam 2% das emissões totais de gases com efeito de estufa na Europa, e desde 1990, as suas emissões aumentaram 60%.
Enquanto que alguns gases fluorados, especialmente os HFCs, têm um tempo de vida curto, outros, em particular os PFCs e o SF6 podem permanecer na atmosfera por milhares de anos.
Como alguns equipamentos e produtos , como espumas, contêm gases fluorados com um longo tempo de vida útil, torna-se fundamental a correcta manutenção e encaminhamento destes equipamentos em fim de vida.